نائینی با دقت فقهی، استدلال می‌کند که عصمت در عصر حضور امام، همان «قوّه عاصمه» است که از تبدیل ولایت به مالکیت مطلقه جلوگیری می‌کند. اما در عصر غیبت که این قوه عاصمه در دسترس نیست، باید «جایگزینی» برای آن یافت.

نائینی با درکی عمیق از شرایط زمانه، نظریه «نظارت فقها» بر قوانین مصوب مجلس شورای ملی را مطرح می‌کند. در این الگو، مردم از طریق نمایندگان خود، در تدوین قوانین و اداره کشور مشارکت می‌کنند، اما این قوانین نباید با موازین شرع انحراف یابد.

این وظیفه روشنگران حقیقت و تبیین‌گران وقایع و علما و آگاهان جامعه است که در هر نسلی و هر عصری به وظیفه خود عمل کنند، از محافظه‌کاری و تن‌پروری فکری دست بردارند و جلو بیفتند و وظیفه مهم خودشان را در دادن آگاهی و بیدارسازی جامعه و بخصوص نسل جوان و جدید جامعه ایفا کنند و از حوادث تلخی که بر اثر جهل و نادانی و بی‌اطلاعی بر سر فرد و جامعه می‌آید، مانع شوند.

نایینی در نقد استبداد، بر آن بود که سلطنت مطلقه نه از منظر عقل و نه از دید شرع پذیرفتنی نیست، چراکه مالکیت حاکم بر جان و مال مردم با اصل توحید عبادی در تضاد است.

او نخستین بار حکومت را از منطقِ سلطه، به منطقِ مسئولیت دینی بلند کرد. ولایت در نظرش، نه تصاحب قدرت، بلکه حفظِ حق‌الله در عرصه‌ی عمومی است. از این رو، فقیه ولایت‌مدارِ عصر مشروطه، بنیان‌گذار حرکت از فقهِ حکمی به فقهِ تمدنی است.

به تعبیر نائینی، استبداد نه صرفاً انحراف سیاسی، بلکه «شرک عملی» در ربوبیت خداوند است؛ چرا که سلطانِ تملیکی، خود را در مقام ربوبیت بر بندگان می‌نشاند؛ اما ولایت، نه سلطه بر دیگران، بلکه پیوندی از جنسِ محبت و معرفت است.

آن‌چه اندیشه سیاسی نائینی را ماندگار و باطراوت نگاه داشته، همین کنش‌گری سیاسی او و پیوند زدن ساحت اندیشه با میدان عمل است که این‌چنین تنبیه و تنزیه او را یک قرن بعد و برای عصر جمهوری اسلامی نیز عملیاتی جلوه می‌دهد.

میرزای نائینی هم از استبداد می‌گریخت، هم از هرج‌ومرج غربی. اما روایت‌هایی که امروز از او ساخته می‌شود، بیش از آن‌که به حقیقت نزدیک باشد، ساخته و پرداخته‌ منازعات سیاسی معاصر است.