نایینی در نقد استبداد، بر آن بود که سلطنت مطلقه نه از منظر عقل و نه از دید شرع پذیرفتنی نیست، چراکه مالکیت حاکم بر جان و مال مردم با اصل توحید عبادی در تضاد است.

آن‌چه اندیشه سیاسی نائینی را ماندگار و باطراوت نگاه داشته، همین کنش‌گری سیاسی او و پیوند زدن ساحت اندیشه با میدان عمل است که این‌چنین تنبیه و تنزیه او را یک قرن بعد و برای عصر جمهوری اسلامی نیز عملیاتی جلوه می‌دهد.

میرزای نائینی هم از استبداد می‌گریخت، هم از هرج‌ومرج غربی. اما روایت‌هایی که امروز از او ساخته می‌شود، بیش از آن‌که به حقیقت نزدیک باشد، ساخته و پرداخته‌ منازعات سیاسی معاصر است.

یرزای نایینی، با اثر برجسته‌اش «تنبیه الامه»، از جمله علمایی است که بیش از یک قرن پیش پایه‌های نظری حکومت اسلامی را با دیدی عقلانی و فقهی ترسیم کرد. آنچه امروز کمتر به آن پرداخته شده، تطبیق شگفت‌انگیز اندیشه‌های او با سازوکارهای جمهوری اسلامی است؛ موضوعی که دشمنان انقلاب از آن هراسان‌اند و تلاش دارند با جعل تاریخ، پیوند اندیشه‌ی نایینی با ولایت فقیه و مردمسالاری دینی را مخدوش کنند.

میرزای نایینی نه یک لیبرال مسلمان، که یک «مجتهد نظام‌ساز» بود. او پلی استوار بین سنت دیرپای فقه سیاسی شیعه و تمدن نوین اسلامی بنا نهاد. احیای اندیشه او، در حقیقت احیای ریشه‌های فقهی جمهوری اسلامی و پاسخی محکم به کسانی است که می‌پندارند این نظام، بدعتی جدا از پشتوانه‌های تاریخی خود است.

نایینی به ما می‌آموزد که در نبرد تمدنی با استکبار، تنها داشتن اندیشه‌ی صحیح کافی نیست؛ بلکه «مدیریت جبهه‌ی فکری» و «هوشیاری در برابر مصادره» نیز بسیار ضروری است.

نایینی، مجتهدِ به‌روزِ عصر مشروطه بود؛ و شاید هنوز، حوزه‌های علمیه به امثال او نیازمندند تا فقه را زنده و انقلاب را فکری نگه دارند. سرمایه‌ای که توسط جریان انقلاب اسلامی و به رهبری امام خمینی، چندین رتبه ارتقاء پیدا کرد.

اگر چنانچه بخواهیم به تعبیر امروز این حکومت اسلامی و مردمی را بیان کنیم، می‌شود جمهوری اسلامی